מכון 'אור תורה נדחי ישראל' לחקר קהילות ישראל, נוסד עקב מציאות היסטורית בה קהילות יהודיות רבות נפרדו מעם ישראל בשל רדיפות שחווה העם היהודי במהלך שנות הגלות. לקהילות אלו, השוכנות בכל העולם: במזרח הרחוק, במזרח התיכון, באפריקה, באירופה, באמריקה הלטינית ואף באוסטרליה, זיקה היסטורית מובהקת לעם היהודי, ועניין רב בקשר עם העם היהודי היושב בציון ועם מדינת ישראל על אף שהם אינם יהודים על-פי ההלכה.
לשם סיוע וקיום קשר רציף עם קהילות אלו – הוקם מכון 'אור תורה נדחי ישראל'. המכון חוקר את הקהילות הללו, את מקורם, מנהגיהם, וצרכיהם המיוחדים ומסייע בכל הנדרש לשמירת זיקתם לעם היהודי.
שליחי המכון מקיימים קשר מתמיד עם הקהילות השונות, מסייעים בשמירת המסורת היהודית, נותנים לקהילה תחושה שעם ישראל נמצא לצידה, וכמובן מסייעים למבקשים בסופו של דבר לשוב אל שורשיהם היהודיים.